饮料灌装机的容器必须要保持清洁，所配备的灌装容器必须经过严格检查和清洗，一定要避免灌装后的饮料被污染；保持生产车间的干净整洁也非常有必要。因为在饮料生产过程中，禁忌由于饮料
灌装机本身质量问题导致生产线无法正常运行，因此在使用灌装机时要注意灭菌,确保洁净,低温灌装。
首先要保持饮料灌装机的管道洁净，所有管道特别是与物料间接或直接接触的管道，都要保持洁净，每周要刷洗，每天要走水，每次都要灭菌；确保灌装机干净，对其物料槽要进行刷洗和灭菌，确保与物料接触的部分都不能有积垢和杂菌。生产过程中要保证瓶装饮料的生物稳定性灭菌是好的方法，清洁时一定要控制好灭菌的时间和温度，确保最终效果，还要避免杀菌时间过长或温度过高，减少饮料氧化，当杀菌后要尽快冷却使温度不超过35℃以上。低温灌装是对饮品灌装最低要求，一般情况下饮料在低温环境中不易产生泡沫，有利于灌装，从而保证饮料的产品质量。在
饮料灌装机每次工作前，要用0～1℃的水使灌装机槽与输送管道温度降低，当灌装温度超过4℃时应先降低温度后在进行灌装操作。利用保温槽,恒温灌，使物料在灌装的规定时间内保持一定的恒温，避免造成灌装机因温度变化过大而运转不稳定，从而影响生产效率。另外,饮料灌装设备与其它设备隔绝，灌装机的润滑部分与灌装物料部分应避免交叉污染，输送带的润滑要用专用的肥皂水或润滑油。
